Uložení jako PDF:
1) Vyberte databázi.
2) Více> Návrhář
3) Import/Export souřadnic pro relační schéma 
4) Operace (přejděte dolů)> Upravit nebo exportovat relační schéma
Klikněte na Přejít.
5) Vyberte si své preference.
Klikněte na Přejít.
Uložte soubor.
Uložení jako obrázek:
V kroku 5 můžete zvolit "SVG" místo "PDF", ale pro ERD to nepřineslo esteticky žádoucí výsledky (alespoň pro mě).
Osobně jsem právě převedl PDF na obrázek pomocí aplikace třetí strany.
Reference:phpmyadmin 3.4.0 ERD do PDF