Jak je uvedeno v komentářích, mysqldump můžete použít následujícím způsobem.
mysqldump --user=... --password=... --host=... DB_NAME --where=<YOUR CLAUSE> > /path/to/output/file.sql
Pokud chcete, aby to bylo ve vašem php souboru, můžete provést následující
exec('mysqldump --user=... --password=... --host=... DB_NAME --where=<YOUR CLAUSE> > /path/to/output/file.sql');