IMHO nejjednodušší řešení je:
- V phpmyadmin vyberte databázi, kterou chcete zkrátit, v seznamu databází (na levé straně)
- V hlavním zobrazení přejděte dolů a uvidíte zaškrtávací políčko „Zkontrolovat vše“ a vedle něj rozbalovací pole, kde můžete vybrat „Vyprázdnit“. Hotovo.