Můžete použít toto:http://www.ozerov.de/bigdump/
Nebo
Tento příkaz použijte k rozdělení souboru sql
split -l 5000 ./path/to/mysqldump.sql ./mysqldump/dbpart-
Příkaz split vezme soubor a rozdělí ho na více souborů. Část -l 5000 říká, že má soubor rozdělit každých pět tisíc řádků. Další bit je cesta k vašemu souboru a další část je cesta, do které chcete uložit výstup. Soubory budou uloženy jako libovolný název souboru, který určíte (např. „dbpart-“) s připojenou kombinací písmen abecedy.
Nyní byste měli být schopni bez problémů importovat soubory jeden po druhém přes phpMyAdmin.
Další informace http://www.webmaster-source.com/2011/09/26/how-to-import-a-very-large-sql-dump-with-phpmyadmin/