V dílčím dotazu vs jednoduchý (nerekurzivní) verze CTE, jsou si pravděpodobně velmi podobné. K odhalení jakýchkoli rozdílů byste museli použít profiler a skutečný plán provádění, a to by bylo specifické pro vaše nastavení (takže vám nemůžeme sdělit úplnou odpověď).
Obecně; CTE lze použít rekurzivně; dílčí dotaz nemůže. Díky tomu jsou zvláště vhodné pro stromové struktury.