Je možné odstranit z více tabulek ve stejném příkazu SQL?

Ne, budete muset spustit více příkazů.

Protože potřebujete odstranit ze dvou tabulek, zvažte vytvoření dočasné tabulky odpovídajících ID:

SELECT U.Id INTO #RecordsToDelete
FROM Users U
   JOIN LinkingTable J ON U.Id = J.U_Id
...

A poté z každé tabulky odstraňte:

DELETE FROM Users 
WHERE Id IN (SELECT Id FROM #RecordsToDelete)

DELETE FROM LinkingTable
WHERE Id IN (SELECT Id FROM #RecordsToDelete)