To nemusí být nejúčinnější, ale vytvořil bych dočasnou tabulku, která by obsahovala výsledky uloženého procesu, a pak ji použil ve spojení s cílovou tabulkou. Například:
CREATE TABLE #t (uniqueid int)
INSERT INTO #t EXEC p_YourStoredProc
UPDATE TargetTable
SET a.FlagColumn = 1
FROM TargetTable a JOIN #t b
ON a.uniqueid = b.uniqueid
DROP TABLE #t