Máte pravdu, je matoucí, že SQL Server umožňuje vytvářet duplicitní indexy ve stejném poli (polích). Ale skutečnost, že můžete vytvořit další, neznamená, že index PK již také neexistuje.
Dodatečný index nepřináší nic dobrého, ale jedinou škodou (velmi malá) je dodatečná velikost souboru a režie na vytváření řádků.