Dá se to! Musíte však konkrétně nakonfigurovat SSMS tak, aby používal výstup v uvozovkách, protože z nějakého hloupého důvodu to není výchozí.
V okně dotazu, které chcete uložit přejděte na Dotaz -> Možnosti dotazu...
Zaškrtněte políčko „uvozovat řetězce obsahující oddělovače seznamu při ukládání výsledků .csv“.
pak
select 'apple,banana,cookie' as col1,1324 as col2,'one two three' as col3,'a,b,"c",d' as col4
bude výstup
col1,col2,col3,col4
"apple,banana,cookie",1324,one two three,"a,b,""c"",d"
což je to, co všichni chceme.