Pokud jsou řádky v každém sloupci skutečně odlišné, můžete použít SELECT DISTINCT .
Protože používáte SQL Server, můžete také použít row_number() vrátit jeden řádek pro každý ThreatId :
select ThreatId,
ThreatTopClient,
...
from
(
select ThreatId,
ThreatTopClient,
...,
row_number() over(partition by ThreatId order by ThreatMLSeq) rn
from xThreatCA
where ThreatMLSeq <> N''
and ID <> 0
) d
where rn = 1
order by ThreatMLSeq