Pokud budete číst článek zde:https://dba.stackexchange.com/questions/692/sql-server-2008-cross-database-performance-on-same-physical-machine-and-server uvědomíte si, že nebudete mít penalizaci za výkon, protože optimalizátor dotazů bude pouze jeden. Rozdíl bude pouze v případě, že budete používat meziinstanční dotazy. V tomto případě bude dotaz analyzován samostatnými analyzátory dotazů v obou případech.
Možné problémy, které mohou být ve vašem případě, se týkají správy. Přečtěte si, jak spravovat vlastnictví mezi databázemi:http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms188676.aspx