V případě, že někdo jiný narazí na tento problém:
Vypadá to, že v roce 2008 existuje možnost, jak to udělat; nebylo mi to zřejmé, protože databáze byla upgradována z roku 2005, kde si nemyslím, že to byla možnost.
První věc, kterou musíte udělat, je nastavit úroveň kompatibility až do roku 2008:
ALTER DATABASE [MyDatabase] SET COMPATIBILITY_LEVEL = 100
Poté při vytváření fulltextového indexu pomocí průvodce existuje krok, který vám umožní ignorovat ignorovaná slova pro index
edit:Zde je skript, jak to udělat také:
ALTER FULLTEXT INDEX ON MyTable SET STOPLIST = OFF