SQL Server FTS bude snadněji spravovatelný pro malé nasazení. Protože FTS je integrován s DB, RDBMS zpracovává aktualizaci indexu automaticky. Nevýhodou je, že nemáte zjevné řešení škálování kromě replikace DB. Pokud tedy nepotřebujete škálovat, SQL Server FTS je pravděpodobně „bezpečnější“. Z politického hlediska bude většina obchodů pohodlnější s čistým řešením SQL Server.
Na straně Lucene bych upřednostnil SOLR před přímým Lucene. U obou řešení musíte udělat více práce sami, aktualizovat index, když se data změní, a také sami mapovat data do indexu SOLR/Lucene. Výhodou je, že můžete snadno škálovat přidáním dalších indexů. Tyto indexy byste mohli provozovat na velmi štíhlých linuxových serverech, což eliminuje některé licenční náklady. Pokud použijete cestu Lucene/SOLR, snažil bych se umístit VŠECHNA data, která potřebujete, přímo do indexu, spíše než vkládat ukazatele zpět do DB v indexu. Do indexu můžete zahrnout data, která nelze prohledávat, takže například můžete mít v indexu uložené předem vytvořené HTML nebo XML a zobrazit je jako výsledek vyhledávání. S tímto přístupem může být vaše databáze mimo provoz, ale stále můžete poskytovat výsledky vyhledávání v odpojeném režimu.
Nikdy jsem neviděl přímé srovnání výkonu mezi SQL Serverem 2008 a Lucene, ale rád bych ho viděl.