Asi před rokem jsem měl stejné potíže jako ty. Podívejte se na odpovědi zde, je tam několik skvělých návrhů od lidí:CodeIgniter připojení MSSQL
Také zde bylo před několika dny zveřejněno vlákno:CI připojení k SQL SERVER - podívejte se také na moji odpověď, protože to vyřešilo problém pro konkrétního vývojáře.