Nakonec jsem přišel na řešení problému. Ve své otázce výše jsem uvedl, že ve svém projektu mám pouze jeden soubor edmx. V jednom smyslu je to pravda. Ale špatně v druhém smyslu.
Ke správě kódu používám git. Vytvořil jsem další soubor edmx v jiném projektu a použil jsem odkaz na tento projekt ve svém hlavním projektu.
Pak jsem přepnul větev git s dll v .gitignore. Ty dll, které byly v .gitignore, nemohly být nahrazeny git s knihovnami dll nově změněné větve. Takže jsem měl ve svém projektu dvě reference na soubory edmx s plně vestavěnými dll.
Problém vyřešen, když jsem pečlivě zkontroloval svou složku bin a odstranil dll, která ve skutečnosti nepatřila do aktuální větve git.
Doufám, že vám to pomůže. Pokud vám něco není jasné, napište to sem. Díky