Pokud se více aplikací pouze pokouší porovnat data, pak se domnívám, že tyto nezapisují do tabulky, mělo by také pomoci ukládání záznamů do mezipaměti. Existuje také technika zvaná sharding, kterou bohužel SQL server neposkytuje. Ale na codeplexu existuje knihovna, která takovou funkci pro SQL Server poskytuje. V podstatě se snaží vyvážit zatížení databází.
Netestoval jsem to, ale za pokus to stojí. Pokud chcete, můžete to vidět zde http://enzosqlshard.codeplex.com/