Stále bych použil SqlBulkCopy pro rychlé zkopírování dat z externího souboru do pracovní tabulky který má stejnou (plochou) strukturu jako soubor (tuto tabulku budete muset vytvořit předem)
Po načtení můžete data rozdělit do více tabulek pomocí např. uložená procedura nebo tak něco - mělo by to být docela rychlé, protože vše je již na serveru.