Hibernate získává všechna připojení JDBC z továrny na připojení a tato tovární nastavení připojení určují schéma DB, proti kterému jsou vydávány všechny dotazy/aktualizace Hibernate. Svou aplikaci můžete nakonfigurovat s více SessionFactory instance, každá s továrnou připojení ukazující na jiné schéma databáze. Potom za běhu můžete vybrat jednu z vhodných SessionFactory pracovat.
Jednodušším řešením by bylo spustit více kopií vaší webové aplikace, jednu pro každého klienta.