Existuje rozdíl v metodách transakcí SMO ServerConnection oproti použití vlastnosti SqlConnectionObject?

Oba jsou ekvivalentní. Použití objektu SqlTransaction umožňuje umístit transakci do using rozsah:

using(SqlTransaction  trn = conn.BeginTransaction ())
{
 ...
 trn.Commit ();
}

Toto je lepší vzor v přítomnosti výjimek.