Pokud používáte SQL Server 2008, filtr indexu by možná bylo vaším řešením:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms188783 .aspx
Takto vynucuji jedinečný index s více hodnotami NULL
CREATE UNIQUE INDEX [IDX_Blah] ON [tblBlah] ([MyCol]) WHERE [MyCol] IS NOT NULL