Tohle mě taky přivádělo k šílenství. Konečně jsem si všiml "varovné" zprávy s nápisem "Nelze vygenerovat plán nasazení kvůli vnitřní chybě". Z tohoto důvodu byla obě tlačítka Aktualizovat a Generovat skript zakázána.
Vyřešil jsem to uzavřením sady Visual Studio, přechodem do složky obsahující projekt databáze a odstraněním všech souborů (*.dbmdl) . Poté jsem restartoval Visual Studio, znovu spustil schéma porovnání a tlačítko Aktualizovat bylo povoleno.