nahradit pouze odpovídá začátku řetězce

Je to problém s řazením.
Na první pohled jsem musel reprodukovat, protože to bylo neuvěřitelné, ale váš dotaz měl pro mě stejný problém.

Pokud to zkusíte se správným řazením, funguje to:

select replace(N'AȘ' COLLATE Latin1_General_BIN, N'Ș', N'-')