Dost pravděpodobně vaše sourcecodes_tags
tabulka obsahuje sourcecode_id
hodnoty, které již ve vašich sourcecodes
neexistují stůl. Nejprve se jich musíte zbavit.
Zde je dotaz, který může tato ID najít:
SELECT DISTINCT sourcecode_id FROM
sourcecodes_tags tags LEFT JOIN sourcecodes sc ON tags.sourcecode_id=sc.id
WHERE sc.id IS NULL;