Použití jako zástupný znak v připraveném příkazu

Musíte to nastavit v samotné hodnotě, ne v připraveném SQL řetězci příkazu.

To by tedy mělo stačit pro shodu prefixu:

notes = notes
    .replace("!", "!!")
    .replace("%", "!%")
    .replace("_", "!_")
    .replace("[", "![");
PreparedStatement pstmt = con.prepareStatement(
        "SELECT * FROM analysis WHERE notes LIKE ? ESCAPE '!'");
pstmt.setString(1, notes + "%");

nebo shoda přípony:

pstmt.setString(1, "%" + notes);

nebo globální shoda:

pstmt.setString(1, "%" + notes + "%");