Měl jsem podobný problém s výkonem s mysql a vyřešil jsem to nastavením useServerPrepStmts a rewriteBatchedStatements vlastnosti v připojovací adrese URL.
Connection c = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://host:3306/db?useServerPrepStmts=false&rewriteBatchedStatements=true", "username", "password");