Našel jsem důvod, proč připojení nefungovalo, protože se připojení pokoušelo připojit k portu 8888, když se potřebovalo připojit k portu 8889.
$conn = new PDO("mysql:host=$servername;port=8889;dbname=AppDatabase", $username, $password);
Tím se problém vyřešil, ačkoli změna názvu serveru na localhost stále zobrazuje chybu.
Připojení se nezdařilo:SQLSTATE[HY000] [2002] Žádný takový soubor nebo adresář
Po zadání adresy IP pro název serveru se však úspěšně připojí.