Zkuste použít SQL_NO_CACHE (MySQL 5.7) ve vašem dotazu. (Uživatelé MySQL 5.6 kliknou na ZDE )
např.
SELECT SQL_NO_CACHE * FROM TABLE
Tím se zastaví ukládání výsledků do mezipaměti MySQL, mějte však na paměti, že výkon mohou ovlivnit také jiné mezipaměti operačního systému a disku. Je těžší je obejít.