Na vyžádání, nyní jako odpověď...
Při použití prohlížeče dotazů MySQL nebo phpMyAdmin se zdá, že se pro každý dotaz otevírá nové připojení (bugs.mysql.com/bug.php?id=8280 ), takže je nutné napsat všechny příkazy drop v jednom dotazu, např.
SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0;
DROP TABLE my_first_table_to_drop;
DROP TABLE my_second_table_to_drop;
SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1;
Kde SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1
slouží jako dodatečné bezpečnostní opatření...