Nemůžete určit dialekt Hibernate a použít
hibernate.dialect=org.hibernate.dialect.MySQLInnoDBDialect
Upravit
Od verze MySQL> 5.1 by to mělo být
hibernate.dialect=org.hibernate.dialect.MySQL5InnoDBDialect
abyste se tomuto problému vyhnuli Použití "TYPE =InnoDB " v MySQL vyvolá výjimku