Čelil jsem podobné situaci, kdy byl InnoDB deaktivován po upgradu serveru mysql. Dotaz „zobrazit motory " nezobrazil Innodb . Sledujete tento odkaz problém za mě vyřešil.
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
ls ib_logfile*
mv ib_logfile0 ib_logfile0.bak
mv ib_logfile1 ib_logfile1.bak
/etc/init.d/mysql restart