Varování jsou právě to:varování. Jsou hlášeny (obvykle) stderr, ale nic jiného se nedělá. Nemůžete je chytit jako výjimky, protože nejsou vychováváni.
Můžete však nakonfigurovat, co se má dělat s varováními a vypněte je nebo je přeměňte na výjimky pomocí warnings modul. Například warnings.filterwarnings('error', category=MySQLdb.Warning) pro zapnutí MySQLdb.Warning warnings do výjimek (v takovém případě by byly zachyceny pomocí vašeho try/except) nebo 'ignore' aby je vůbec neukázal. Můžete (a pravděpodobně byste měli) mít více jemných filtrů než jen kategorii.