Odpověď je přímo ve vašem kódu:
// Close and output PDF document
// **This method has several options**, check the source code documentation for more information.
$pdf->Output('example_001.pdf', 'I');
Změňte tedy svůj kód takto:
$pdffilecontent = $pdf->Output('', 'S');
a uložte tento řetězec do databáze