MySQL není vestavěná databáze – jediný JAR, který s ní souvisí, je ovladač JDBC. Vyžaduje instalační proces, který může být skriptován přes Java, ale tento proces bude určitě fungovat mimo Java aplikaci, kterou hodláte podporovat. To znamená, že můžete vypnout svou Java aplikaci, ale služba/démon MySQL bude stále spuštěn.
Pouze libmysqld lze vložit.
Existují embedded databáze - SQLite, Firebird - a embedded databáze vytvořené v Javě - HSQL, Derby/(nepamatuji si, jak se tomu dříve říkalo). Věřím, že SQL Server Compact Edition lze vložit, zatímco SQL Server Express/MSDE nikoli. Nevím, jestli má Oracle verzi pro vložení....