Zde odpovím na svou vlastní otázku. Zkontroloval jsem velikosti oddílů pomocí jednoduchého df příkaz a tam jsem viděl, že /var je 100% plný. Našel jsem archiv o velikosti 10 GB, který někdo zanechal. Smazali to, spustili MySQL, spustili PURGE LOGS BEFORE '2012-10-01 00:00:00' dotaz, abyste uvolnili spoustu místa a snížili velikost adresáře /var/lib/mysql z 346 GB na 169 GB. Změněno zpět na hlavní a vše opět běží skvěle.
Z toho jsem se naučil, že naše log soubory jsou VELMI velké, VELMI rychle. Takže zavedu rutinu údržby, abych nejen udržoval soubory protokolu v provozu, ale také mě upozornil, když se blížíme plnému oddílu.
Doufám, že to bude užitečné pro někoho, kdo v budoucnu narazí na stejný problém. Zkontrolujte místo na disku! :)