Na základě vaší vzorové tabulky se zdá, že chcete seskupit podle product spíše než id . Stačí přidat Size sloupec do obou SELECT seznam a GROUP BY
$query = "SELECT
product,
Size,
SUM(Quantity) AS TotalQuantity
FROM inventory
GROUP BY product, Size";
Všimněte si, že jsem přidal alias sloupce TotalQuantity , což vám umožní snadněji načíst sloupec z načteného řádku pomocí rozumnějšího $row['TotalQuantity'] , spíše než $row['SUM(Quantity)']