Problém je s adaptérem PHP, který používáte ke komunikaci s Mysql. Pokud vidím, používáte adaptér PDO k načtení výsledku dotazu. Tento adaptér však nepodporuje zlomky sekund (RRRR-MM-DD HH:MM:SS.F).
Adaptér PDO podporuje YYYY-MM-DD HH:MM:SS a automaticky formátuje hodnotu sloupců data a času do tohoto formátu.
Toto je chyba v samotném adaptéru PDO. Níže naleznete odkaz:http://grokbase.com/t/php/php-bugs/11524dvh68/php-bug-bug-54648-new-pdo-forces-format-of-datetime-fields