MySQL nemá syntaxi PIVOT/UNPIVOT, což vám umožňuje používat kombinaci výrazů GROUP BY a CASE:
INSERT INTO SUMMARY
(user_id,valueA,valueB)
SELECT d.user_id,
MAX(CASE WHEN d.code = 5 THEN d.value ELSE NULL END),
MAX(CASE WHEN d.code = 6 THEN d.value ELSE NULL END),
FROM DETAILS d
GROUP BY d.user_id