Příliš pozdě, ale doufám, že to někomu pomůže.
Zrovna dnes jsem se dostal do podobné situace (ale v jiném kontextu jsem se snažil vytvořit entity z db).
Vyřešil jsem to jednoduše úpravou de database_host z "localhost" na "127.0.0.1" v souboru parameters.ini.
Myslím, že moje instance Mysql běží pouze přes TCP a ne soket, a protože to při použití database_host="localhost" selže.