cat *.sql | mysql ? Potřebujete je v nějakém konkrétním pořadí?
Pokud jich máte příliš mnoho na to, abyste je zvládli tímto způsobem, zkuste něco jako:
find . -name '*.sql' | awk '{ print "source",$0 }' | mysql --batch
Tím se také vyřeší některé problémy s předáváním vstupu skriptu potrubím, i když byste neměli mít žádné problémy se zpracováním potrubí pod Linuxem. Pěkná věc na tomto přístupu je, že mysql obslužný program čte každý soubor namísto toho, aby jej četl z stdin .