Dotazy jsou vždy zpracovávány paralelně mezi více relacemi (tj. připojení klientů). Všechny dotazy na jednom připojení jsou spouštěny jeden po druhém. Úroveň paralelismu mezi více připojeními lze nakonfigurovat v závislosti na dostupných zdrojích serveru.
Obecně platí, že některé operace jsou střeženy mezi jednotlivými relacemi dotazů (tzv. transakce). Ty jsou podporovány backendy InnoDB, ale ne tabulkami MyISAM (ale podporuje koncept zvaný atomické operace). Existují různé úrovně izolace, které se liší v tom, které operace jsou navzájem střeženy (a tedy jak operace v jedné paralelní transakci ovlivňují druhou) a v jejich dopadu na výkon.
Další informace o transakcích naleznete v obecně a implementace v MySQL .