Json zakóduje celou sadu výsledků mysql

Být vámi, json_encode bych to neudělal každé jednotlivé pole, ale sloučit pole dohromady a poté json_encode sloučené pole na konci. Níže je uveden příklad použití 5.4 syntaxe krátkého pole:

$out = [];
while(...) {
  $out[] = [ 'id' => $i, 'name' => $row['name'] ];
}
echo json_encode($out);