Z osobní zkušenosti doporučuji udělat obojí. Automatické zálohování mám nastavené na 8 dní a pak mám také skript, který udělá snímek jednou denně a odstraní snímky starší než 7 dní. Důvodem je to, že z toho, co jsem pochopil, existují určité situace, kdy nebylo možné obnovit z automatické zálohy. Pokud například omylem odstraníte instanci RDS a nepořídíte konečný snímek, nebudete mít přístup k automatickým zálohám, které byly provedeny. Je ale také dobré mít zapnuté automatické zálohování, protože to vám zajistí obnovu v určitém okamžiku.
Doufám, že to pomůže.
UPRAVIT
Abych odpověděl na váš komentář, používám určitou konvenci pojmenování, když můj skript vytváří snímky. Něco jako:
autosnap-název instance -2012-03-23
Když jde provést vyčištění, načte všechny snímky, vyhledá konvenci pojmenování, analyzuje datum a odstraní všechny starší než určité datum.
Myslím, že byste se také mohli podívat na datum vytvoření snímku, ale nakonec jsem to udělal takto.