Parametr connect_timeout je platný pouze v době připojení. Je užitečné zkontrolovat, zda je váš DB server dosažitelný přibližně za 20 sekund. Po připojení již zadaný časový limit není platný.
Na oficiální stránce manuálu mysql jsem nenašel žádný parametr časového limitu dotazu:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/server-system-variables.html takže si nemyslím, že je to možné.