Toto je čistě php řešení, které se zdá být nejjednodušším řešením z toho, co se mi zatím podařilo najít.
$result = mysql_query("SHOW FULL PROCESSLIST");
while ($row=mysql_fetch_array($result))
{
$process_id = $row["Id"];
if ($row["Time"] > 200 )
{
$sql="KILL {$process_id}";
mysql_query($sql);
}
}
A spouštět to ze skriptu CRON každých 60 sekund.
Pokud někdo najde lepší řešení tohoto problému, dejte mi prosím vědět