Zde je dobrá analýza těchto dvou přístupů:Spojení vlevo SQL vs více tabulek na řádku FROM?
Toto vysvětlení je obecné, nejsem si příliš jistý, co v této věci dělá MySQL; ale v každém případě jde o to, že JOIN je vždy explicitnější a jasnější a lze jej přesunout z jednoho nástroje na druhý bez zásadních změn v logice dotazu.