Váš problém s výkonem je pravděpodobně způsoben spojením s tabulkou 'term_taxonomy'.
Zdá se, že všechna ostatní spojení používají primární klíč (kde máte pravděpodobně funkční indexy).
Můj návrh je tedy přidat složený index na term_taxonomy_id a id_term (nebo pokud musíte:taxonomie ). Takhle:
CREATE UNIQUE INDEX idx_term_taxonomy_id_taxonomy
ON term_taxonomy( term_taxonomy_id, taxonomy);
Doufám, že vám to pomůže.