Běžnou praxí je zahrnout instalační skript, který vytvoří potřebné tabulky, takže řešením #2 by bylo řešení.
[upravit] Ten skript by mohl ofc jen přehrát výpis.;)
Také by vás mohly zajímat migrace:Jak automatizovat migraci (schéma a data) pro aplikaci PHP/MySQL