Ano, máš pravdu. Umístili jste WHERE klauzule špatně. Můžete použít pouze jeden WHERE klauzule v jediném dotazu, takže zkuste AND pro více podmínek, jako je tento:
SELECT table1.f_id FROM table1
INNER JOIN table2
ON table2.f_id = table1.f_id
WHERE table2.f_type = 'InProcess'
AND f_com_id = '430'
AND f_status = 'Submitted'