Musel jsem také přejít na PyMySQL. Používám pip 1.5.6, Python 2.7.8 a vyzkoušel jsem mysql-connector 2.0.1
Byl jsem schopen spustit dotaz ze Sequel Pro bez problémů, ale můj dotaz v Pythonu selhal s chybou popsanou v otázce poté, co vrátil pouze podmnožinu výsledků.
Přepnuli na PyMySQL a věci fungují podle očekávání.
https://github.com/PyMySQL/PyMySQL
Ve virtuálním prostředí:
pip install pymysql
V kódu:
import pymysql
connection = pymysql.connect(user='x', passwd='x',
host='x',
database='x')
cursor = connection.cursor()
query = ("MYQUERY")
cursor.execute(query)
for item in cursor:
print item
Určitě chyba v mysql-connector-python.