Konfigurační soubory jsou v pořádku. Hlavní příčinou je chyba v balíčku MySQL 5.6 pro Ubuntu 16.04.
Pokud zkontrolujete svůj /var/log/syslog, pravděpodobně uvidíte řádek jako tento:
Sep 15 18:56:09 ip-172-31-18-162 kernel: [ 383.840275] audit: type=1400 audit(1505501769.234:50): apparmor="DENIED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/etc/mysql/my.cnf.fallback" pid=25701 comm="mysqld" requested_mask="r" denied_mask="r" fsuid=0 ouid=0
Bezpečnostní nástroj nazvaný AppArmor zakazuje přístup k souboru propojenému symboly (/etc/mysql/my.cnf.fallback).
Vyzkoušejte toto řešení, které umožní čtení symbolických odkazů pomocí mysqld.
echo '/etc/mysql/** lr,' >> /etc/apparmor.d/local/usr.sbin.mysqld
systemctl reload apparmor
Nyní by měl mysqld vidět vaši vlastní konfiguraci.
Zdá se, že tato chyba je opravena v balíčku MySQL 5.7 Ubuntu.